На территории, подконтрольной Госэкоинспекции Азовского моря находится три порта – Мариупольский, Бердянский и порт МК «Азовсталь» -  и одно из важнейших направлений деятельности коллектива инспекции – осуществления экологического - радиологического контроля грузов в пунктах пропуска через государственную границу в этих портах.